2013年，瑞士的原子核研究機構“CERN”——在希格斯玻色子這一發現的暗影之下，某個秘密計劃啟動了。這一計劃的名稱是“Niantic計劃”。其目的是研究干涉人類精神的未知物質。被稱為“奇異物質（XM）”的這種物質，自古以來就感應著人們的精神及能力，甚至給人類的歷史帶來了極大的影響。世界各國的機關暗中進行著這項研究。XM被視為人類的希望或是威脅，大國及巨大企業為此而爆發了爭奪戰。接受XM的力量，并準備將其利用于人類進化的“啟蒙軍”。將XM視為威脅，并準備控制它的“反抗軍”。世界劃分為這兩大陣營，至今仍在持續著爭斗。在這個世界發生的爭斗背后，正是XM的存在。之后，2018年——。以東京和世界為舞臺，圍繞著XM的新戰斗開幕。將動畫、在線位置信息游戲以及現實連結起來，從未體驗過的全新“增強現實娛樂”開始了。