故事背景設定在巴西的亞馬遜叢林中，講述了一群人克服重重險阻尋找“叢林之心”的故事。船長勒貝克接受了阿曼達兄妹和薇拉的包船請求，帶領他們去尋找失蹤的考古學家，也就是阿曼達的父親內森。薇拉作為雇傭內森的公司代表，和兄妹倆之間有所介懷。兩組人之間的緊張關系與他們面臨的來自當地野生動物和神秘叢林神祇的威脅相比，顯得微不足道。根據內森日記的內容，一行人前往傳說中的“桑賽伊達”，找到了守護叢林的綠寶石“叢林之心”。最終，薇拉犧牲，父女三人逃脫了險境，同時告誡世人要對這片土地具有敬畏之心。電影的劇情充滿了驚險和刺激，阿曼達和薇拉在叢林中遭遇了各種危險，包括毒箭蛙、食人魚、巨蟒、蜘蛛，甚至是敵對的部落。《神秘奇航》是一部充滿冒險和驚喜的電影，它展示了人類的勇氣、決心和對未知的探索，同時也對生態破壞問題提出了警示。