曾經，一個高度發達的先進種族Ancient以地球為基地，幾百萬年前，不知什么原因，他們離開地球去了某地，在南極只留下一個前哨站。在Jack O'Neill將軍用前哨站的一種Ancient武器消滅前來攻擊地區的Goa'uld人的艦隊之後，各國合作建立了南極聯盟，為研究前哨站里的Ancient科技、促進國際合作與和平而共同努力。在研究過程中，他們發現了Ancient離開地球后所去的地方——飛馬座星系。于是，為了發掘被埋沒的歷史、探索未知的世界，各國組建了亞特蘭蒂斯探險團隊，通過星際之門到達了幾百萬年前從地球飛走的亞特蘭蒂斯城。